Eesti Saarte Kogu kõrgeimaks organiks on üldkoosolek ehk üldkogu, kus igal ESK liikmel on üks hääl. Füüsilisest isikust ESK liige, kes on ühtlasi juriidilise isikuesindaja, omab ühte häält.
Toimunud üldkogude protokollid
| TOIMUMISKOHT | KUTSE ja/või LISAD | PROTOKOLL | PÖÖRDUMINE |
| Hiiumaa 10.mai.2024 | Lisa | Protokoll | |
| Tallinn 31.jaanuar 2024 | Protokoll | ||
| Tallinn 6.detsember 2023 | Lisa | Protokoll | |
| Abruka 14.juuni 2023 | Protokoll | ||
| Tallinn 5.detsember 2022 | Protokoll | ||
| Osmussaar 3.-4. juuni 2022 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Tallinn 13.aprill 2022 | Protokoll | ||
| Kõinastu 28.august 2021 | Protokoll | ||
| ESK üldkogu Zoomis 4.september 2020 | Protokoll | ||
| Prangli 18.mai 2019 | Protokoll | ||
| Tallinn 27.jaanuar 2019 | Protokoll | ||
| Tallinn 8.detsember 2018 | Protokoll | ||
| Piirissaare 15.-16.juuni 2018 | Protokoll | ||
| 2017 | |||
| 2016 | |||
| Väike-Pakri 26.-27.juuni 2015 | Protokoll | Pöördumine | |
| Saaremaa 27.-28.juuni 2014 | Protokoll | ||
| Aegna 30.juuni-1.juuli 2013 | Protokoll | ||
| Manija 29.juuni-1.juuli 2012 | Protokoll | ||
| Prangli 3.-4.juuli 2011 | Kutse | ||
| Vormsi 4.-5.juuli 2010 | Protokoll | ||
| Muhu 28.-29.juuni 2009 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Hiiumaa 27.-28.juuni 2008 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Manija 6.-7-juuli 2007 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Abruka-Vahase 30.juuni-2.juuli 2006 | Kutse | Protokoll | |
| Kihnu 1.-3.juuli 2005 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Ruhnu 9.-11-juuli 2004 | Kutse | Protokoll | Pöördumine |
| Kassari 27.-28.juuni 2003 | Kutse | Protokoll | |
| Muhu ESK XI juubel 6.detsember 2002 | Kutse | Protokoll | |
| Naissaare 28.-29.juuni 2002 | Protokoll | ||
| Muhu 29.juuni 2001 | Protokoll | ||
| Piirissaare 30.juuni-1.juuli 2000 | Protokoll | ||
| Vilsandi 1.-2.juuli 1999 | Protokoll | ||
| Prangli 10.-11.juuli 1998 | Protokoll | ||
| Manija 27.-28.juuni 1997 | Protokoll | ||
| Vormsi 28.-29.juuni 1996 | Protokoll | ||
| Abruka 21.-22.juuni 1995 | Protokoll | ||
| Saaremaa 20.november 1993 | Protokoll |