Üldkoosolekute vahelisel ajal esindas Eesti Saarte Kogu kolmeliikmeline eestseisus (esimees ja kaks liiget). Alates 02.12.2018 juhib Eesti Saarte Kogu igapäevast tegevust juhatus.
Alates 02.12.2018 (uue põhikirja alusel) on Eesti Saarte Kogul eestseisus ehk volinike koosolek, mille tööst võtavad osa üldkogul valitud füüsilised isikud ja juriidiliste isikute esindajad, arvestusega igalt saarelt üks esindaja. Igal saarvallal võib olla kaks esindajat – kogukonna esindaja ja KOV-i volikogu poolt määratud esindaja. Eestseisuse liikmed valivad endi hulgast vanema ja asevanema, kes korraldab eestseisuse tööd (vt. lähemalt ESK põhikiri).
27.jaanuaril 2019 Tallinnas toimunud Eesti Saarte Kogu üldkogul kinnitati esimese eestseisuse liikmed.
Eestseisuse protokollid ja lisad
| TOIMUMISKOHT | PROTOKOLL | Lisa 1 | Lisa 2 | Lisa 3 | Lisa 4 |
| 05.12.2022 üldkogu protokoll | protokoll | osalejate nimekiri | |||
| 02.11.2022 | Protokoll | Lisa 1, tegevuskava 2023 | Lisa 2, eelarve 2023 | ||
| Veebikoosolek 30. mai 2022 | Protokoll | ||||
| Tallinn 13.aprill 2022 | Protokoll | Lisa 1 | Lisa 2 | ||
| Meet keskkonnas koosolek 24.03.21 | Protokoll | Lisa 1, tegevuskava 2021 | Lisa 2, eelarve 2021 | Lisa 3, statuut | |
| Tallinn 21.märts 2019 | Protokoll | ||||
| Tallinn 20.september 2019 | Protokoll | ESK_tulud_kulud_2019 | ESK_tegevuskava_2019 | ||
| Muhu 6.detsember 2019 | Protokoll | Muhu 06.12.2019 osalejad | ESK_eelarve_2020 | ESK tegevuskava 2020 | |
| 04.09.2020 veebikoosolek Zoomis | Protokoll | Lisa3 | Lisa4 |
Töörühmad
Töörühmad ja nende eestvedajad
Liikmed: Meelis Mereäär, Anu Streng, Svea Aavik, Jana Stahl, Veera Leas, Terje Lilleoks
Õigusloome töörühm – juhib Jüri Lember. Liikmed Toomas Luhaäär, Mark Soosaar.
Turvalisuse töörühm – juhib Rein Tafenau.
Revisjonikomisjon – Siim Avi, Svea Aavik ja Eeva Mägi.